市政协机关机构设置为“二室九委”（即办公室、研究室、提案委员会、经济委员会、农业和农村委员会、人口资源环境委员会、教科卫体委员会、社会法制委员会、民族宗教及港澳台侨联谊委员会、文化文史和学习委员会、委员工作委员会）。
办公室下设15个科室（秘书科、人事科、行政接待科、老干部工作科、机关党委、宣传信息科、提案工作科、经济工作科、农业农村工作科、人口资源环境工作科、教科卫体工作科、社会法制工作科、民族宗教及港澳台侨联谊工作科、文化文史和学习工作科、委员工作科），1个正科级公益一类事业单位（市政协委员联络服务中心）。